Costruita sul punto più alto del rione “Castello”, la chiesa a due navate risale al XIII secolo. Dietro l’altare maggiore si ammira una tela del ‘600 raffigurante la Madonna di Loreto; nella navata minore vi sono piccole nicchie con statue settecentesche raffiguranti: l`Assunta, l`Incoronata e Santa Rosa.
Sempre nella navata minore vi è l’altare dedicato a Sant’Anna, dove sono conservate le reliquie di San Pio martire, estratte dalle catacombe di Priscilla e donate a Pietrelcina dal feudatario Carafa nel 1801. A Pietrelcina la devozione a questo Santo è molto sentita, e proprio il nome del martire sarà scelto da Francesco Forgione per la sua vita religiosa.
A sinistra, entrando, vi è un affresco raffigurante il battesimo di Gesù, lì è il fonte battesimale in pietra col ciborio di legno dove, il 26 maggio 1887, il piccolo Francesco ricevette il battesimo da don Nicolantonio Orlando. Qui Padre Pio prese la Prima Comunione e il 27 settembre 1899, a dodici anni, la Cresima, amministrata all’Arcivescovo di Benevento, Monsignor Donato Maria Dell`Olio.
La chiesetta di Sant’Anna, gioiello di semplicità e spiritualità, è l`autentico “scrigno” delle esperienze del cammino spirituale di Padre Pio: nascita, battesimo, cresima, vita eucaristica, estasi e visioni.
Questa chiesa è tutta piena di Francesco Forgione bambino e adolescente, di Fra Pio studente e di Padre Pio sacerdote. Qui egli celebrava la Santa Messa e confessava le anime semplici di Pietrelcina. Qui ebbe numerose esperienze mistiche come le apparizioni di Maria e dell’angelo custode; o i momenti di intimità con Gesù sacramentato: “I battiti del cuore, allorché mi trovo con Gesù Sacramentato, sono molto forti. Sembrami alle volte che voglia proprio uscirne dal petto. All’altare alle volte mi sento talmente un accendimento per tutta la persona, che non posso descriverglielo, il viso massimamente mi sembra che voglia andare tutto in un fuoco.”